1.
2.
coding region dışındaki genomik bölgeler. eheh böyle yazınca havalı oluyor gibi ama işin aslı şu efendim; bu adamlar genellikle ya evrimsel süreçte bir şekilde genlerin orasına burasına insert edilmiş fragmanlar, ya da birtakım regülatör sekanslar (işte efendim şey, bak gen okumaya buradan başla sekansı, hrle hrle dur, burada bitir sekansı, bak buraya çocuğum burası bilmemkim bölgesi gibi şeyler). bunlar da gerekli şeyler, çöp deyip geçmeyin. başkasının çöpü sizin için hazine olabilir *
peki bu intron bölgelerin bizim için laboratuvarda ne önemi var? gen ifadesi bakıyorsanız eğer, sadece mrna kökenli cdna ile çalışmanız lazım. bu da genomik dna varlığının istemediğini söyler bize. intron-spanning primer tasarlarsanız eğer bu genomik dna varlığını görürsünüz. çünkü şöyle düşünün, sizin elinizde bir gen var ve protein kodluyor olsun. bunun mrna varlığı hücrede mutlaka bulunur, siz de bunu pcr ilr çoğaltmak için cdna denilen komplementer dna versiyonuna çevirirsiniz. çünkü elimizde rnayı düzgün çoğaltacak teknoloji yok. o yüzden önce rna izole edersiniz, onu cdna yaparsınız, ondan da pcr yaparsınız. elinizdeki pcr primerları sadece belirli bir ekzon içinde bir bölgeyi çoğaltıyorsa genomik dna bulaşını göremezsiniz çünkü aynı dizi genomda da var. ya şöyle anlatayım size, abcdefghijklmnopqrstuvwxyz bu dizi genom olsun. renkli bölgeler ekzon, siyahlar intron olsun. bunun mrna dizisi abcdefmnotuvwx olacak. siz eğer sadece ekzon 3ü çoğaltmak için primer tasarlarsanız pcr sonucunda ürün tuvwx olur. genomik dna bulaşsa da böyle olur, bulaşmasa da böyle olur bu sonuç. intron spanning primer kullanırsanız bu primer cdna çoğaltırsa (herşey yolunda gitti ve siz işlemleri doğru yaptıysanız) yine pcr sonucu tuvwx olur. fakat genomik dna bulaştıysa hem tuvwx hem de mnopqrstuvwx olur. intron spanning yapmak için en az iki ekzon ve arasındaki intron bölgeyi almanız lazım. biri büyük biri küçük böyle iki bant varsa geçmiş olsun, sizin izolasyon kötü olmuş demektir. sadece büyük bant varsa zaten siz rna değil gdna izole etmişsiniz demek. o daha beter.
peki bu intron bölgelerin bizim için laboratuvarda ne önemi var? gen ifadesi bakıyorsanız eğer, sadece mrna kökenli cdna ile çalışmanız lazım. bu da genomik dna varlığının istemediğini söyler bize. intron-spanning primer tasarlarsanız eğer bu genomik dna varlığını görürsünüz. çünkü şöyle düşünün, sizin elinizde bir gen var ve protein kodluyor olsun. bunun mrna varlığı hücrede mutlaka bulunur, siz de bunu pcr ilr çoğaltmak için cdna denilen komplementer dna versiyonuna çevirirsiniz. çünkü elimizde rnayı düzgün çoğaltacak teknoloji yok. o yüzden önce rna izole edersiniz, onu cdna yaparsınız, ondan da pcr yaparsınız. elinizdeki pcr primerları sadece belirli bir ekzon içinde bir bölgeyi çoğaltıyorsa genomik dna bulaşını göremezsiniz çünkü aynı dizi genomda da var. ya şöyle anlatayım size, abcdefghijklmnopqrstuvwxyz bu dizi genom olsun. renkli bölgeler ekzon, siyahlar intron olsun. bunun mrna dizisi abcdefmnotuvwx olacak. siz eğer sadece ekzon 3ü çoğaltmak için primer tasarlarsanız pcr sonucunda ürün tuvwx olur. genomik dna bulaşsa da böyle olur, bulaşmasa da böyle olur bu sonuç. intron spanning primer kullanırsanız bu primer cdna çoğaltırsa (herşey yolunda gitti ve siz işlemleri doğru yaptıysanız) yine pcr sonucu tuvwx olur. fakat genomik dna bulaştıysa hem tuvwx hem de mnopqrstuvwx olur. intron spanning yapmak için en az iki ekzon ve arasındaki intron bölgeyi almanız lazım. biri büyük biri küçük böyle iki bant varsa geçmiş olsun, sizin izolasyon kötü olmuş demektir. sadece büyük bant varsa zaten siz rna değil gdna izole etmişsiniz demek. o daha beter.
devamını gör...
3.
ben de kendi intronuzu yaptınız zannettim püh
dinlemeye geldik o kadar..
dinlemeye geldik o kadar..
devamını gör...