1.
bitki materyalinin genetik analizi amacıyla gerçekleştirilen moleküler biyolojide kullanılan nükleik asit izolasyonuna dayalı bir yöntemdir.
çeşitli amaçlara yönelik gerçekleştirilebilmekteyiz: taksonomik araştırmalar, gen aktarımı, hastalık tayini, zirai bakımdan önemli genlerin analizi gibi birçok nedenle dna ekstraksiyonu yapılabilmektedir.
ilk aşamada hangi protokolü ve prensibi kullanacağımızı bilmek gerekiyor. bunun için de literatür taraması yapmalıyız. literatürdeki yönlendirmeleri dikkatle inceledikten sonra, materyalimize uygun protokol seçilmelidir. bu seçimde, bitkideki fenolik bileşiklerin varlığı, sekonder metabolit miktarları, yaşı, hastalıklı olup olmaması, taze veya kuru materyal olma durumu gibi birçok parametreyi göz önünde bulundurmalıyız.
bilim kümülatiftir; yani daha önceki çalışmaları ve doğrulanmış tutarlı veriler sonucu önermeleri okumalı ve not etmeliyiz. önceki analizler göz önünde bulundurularak bir prokotol çıkarırız. ancak bu aşamada protokolün de optimize edilmesi gerekir. çünkü, çalışılan ortam koşullarından cihazların validasyonuna ve hatta kimyasalların markasına kadar protokol çalışması etkilenebilmektedir.
temelde 4 aşamaya ayırabiliriz:
1. homojenizasyon: bitki materyalinin birtakım çözeltiler, mekanik parçalama (sıvı azot gibi), ısı ile inkübasyon gibi aşamalarla lizis yani parçalama işlemidir.
2. seperasyon: ayırma aşamasıdır. dna dışında kalan diğer bitkisel maddeler kloroform gibi kimyasallarla faz oluşturularak ayrılır.
3. presipitasyon: çöktürmedir. bir önceki aşamada fazlar oluşturarak ayırdığımız diğer maddeleri santrifüjle uzaklaştırıp, nükleik asitin çökmesi için soğuk inkübasyon yaptığımız aşamadır.
4. pürifikasyon: saflaştırma aşamasıdır. artık çökmüş halde bulunan dna’yı etil alkol gibi kimyasallara yıkayıp çözerek kullanıma hazır hale getirebiliriz.
son aşamadan sonra dna’nın saflık ve miktar tayini yapılarak çalışmanın verimli olup olmadığını da tespit edebiliriz. spektrofotometrik olarak baktığımızda: saflık için absorbans değerlerinin 1,8 olması (260/280 nm) ve miktar için de nanogram / mikrolitre oranıyla konsantrasyonunun kontrol edilmesi gerekir.
çeşitli amaçlara yönelik gerçekleştirilebilmekteyiz: taksonomik araştırmalar, gen aktarımı, hastalık tayini, zirai bakımdan önemli genlerin analizi gibi birçok nedenle dna ekstraksiyonu yapılabilmektedir.
ilk aşamada hangi protokolü ve prensibi kullanacağımızı bilmek gerekiyor. bunun için de literatür taraması yapmalıyız. literatürdeki yönlendirmeleri dikkatle inceledikten sonra, materyalimize uygun protokol seçilmelidir. bu seçimde, bitkideki fenolik bileşiklerin varlığı, sekonder metabolit miktarları, yaşı, hastalıklı olup olmaması, taze veya kuru materyal olma durumu gibi birçok parametreyi göz önünde bulundurmalıyız.
bilim kümülatiftir; yani daha önceki çalışmaları ve doğrulanmış tutarlı veriler sonucu önermeleri okumalı ve not etmeliyiz. önceki analizler göz önünde bulundurularak bir prokotol çıkarırız. ancak bu aşamada protokolün de optimize edilmesi gerekir. çünkü, çalışılan ortam koşullarından cihazların validasyonuna ve hatta kimyasalların markasına kadar protokol çalışması etkilenebilmektedir.
temelde 4 aşamaya ayırabiliriz:
1. homojenizasyon: bitki materyalinin birtakım çözeltiler, mekanik parçalama (sıvı azot gibi), ısı ile inkübasyon gibi aşamalarla lizis yani parçalama işlemidir.
2. seperasyon: ayırma aşamasıdır. dna dışında kalan diğer bitkisel maddeler kloroform gibi kimyasallarla faz oluşturularak ayrılır.
3. presipitasyon: çöktürmedir. bir önceki aşamada fazlar oluşturarak ayırdığımız diğer maddeleri santrifüjle uzaklaştırıp, nükleik asitin çökmesi için soğuk inkübasyon yaptığımız aşamadır.
4. pürifikasyon: saflaştırma aşamasıdır. artık çökmüş halde bulunan dna’yı etil alkol gibi kimyasallara yıkayıp çözerek kullanıma hazır hale getirebiliriz.
son aşamadan sonra dna’nın saflık ve miktar tayini yapılarak çalışmanın verimli olup olmadığını da tespit edebiliriz. spektrofotometrik olarak baktığımızda: saflık için absorbans değerlerinin 1,8 olması (260/280 nm) ve miktar için de nanogram / mikrolitre oranıyla konsantrasyonunun kontrol edilmesi gerekir.
devamını gör...
"bitkilerden dna izolasyonu" ile benzer başlıklar
dna
9