homoseksüellik ingiltere’de yasa dışıydı ve bir akıl hastalığı olarak dikkate alınmakla birlikte ceza-i yaptırımı olan suç sınıfına girmekteydi. ocak 1952’de turing’in 19 yaşında bir genç olan alan murray ile bir sinemada tanıştı ve alan murray birkaç defa turing'in evine giderek onunla birlikte kaldı. birkaç hafta sonra alan murray bir tanıdığı ile birlikte turing'in evini soymaya gitti. turing bu hırsızlığı polise bildirdi. polis hırsızları yakaladı ve soruşturma sırasında alan murray'in turing ile homoseksüel ilişkisi olduğu gerçeği ortaya çıktı. turing de bunun gerçek olduğunu itiraf etti. turing ve murray 1885 ceza kanunu'na ek yasa'nın 11. kısmı gereğince müstehcen uygunsuzluktan suçlanıp mahkemeye verildiler. turing pişman değildi ve 50 yıl önce oscar wilde'ın başına geldiği gibi aynı suçtan mahkûm edildi.

turing’e mahkûmiyet ve durumuna bağlı olarak libidosunu azaltmak için devam eden hormonal tedavisinde göz hapsi arasında bir tercih sunuldu. hapisten kaçmak için, bir yıl içinde kendini hadım edecek östrojen hormonu iğnelerini kabul etti. suçlu bulunması dolayısıyla devletin gizli işleri için güvenilirlilik izni kaldırıldı ve o zamanlar çok gizli olan gchq’daki kriptografik konular üzerine devam eden danışmanlığı da sona erdirildi. o dönemde ingiltere hükûmeti cambridge beş adlı çoğu akademik eğitimleri sırasında oxford-cambridge'de tahsil yaparken sovyetler birliği hesabına casusluk yapmayı kabul etmiş ve sonradan ingiliz entelejans kurumunda en yüksek rütbeleri almış olan (guy burgesss ve donald maclean) bir grup ajanlar sorunu ile uğraşmaktaydı. casuslar ve sovyet ajanlarının önemli mevkilerde bulunan homoseksüelleri tuzağa düşürmelerinden endişe edilmekteydi. turing o kadar yıl sonra bile çok gizli olan bletchley park'ta çok önemli mevkilerde çalışmıştı ve homoseksüel olma suçundan mahkeme tarafından hüküm giymişti.

8 haziran 1954’te temizlikçisi onu manchester'deki evinde ölü buldu. bir gün evvel, yatağının kenarında bıraktığı yarı-yenmiş siyanür-zehirli elmayı yemek suretiyle siyanür zehirlenmesinden öldüğü açıklandı. elmanın kendisi nedense hiçbir siyanür zehiri testine tabi tutulmadı. ölüm sebebinin siyanür zehirlenmesi olması iddiasına rağmen naaşına post-mortem yapılmadı.