bir çok değerli ve vasıflı insanda olabileceği gibi emir çelebinin de afyona karşı zaafı vardı, ve bu bazı çevrelerce bilinmekte olan bir gerçekti. padişaha yakın olan silahtar mustafa paşa gibi bazı kişilerde hekimbaşı'nın afyon kullandığını biliyordu ve revan seferi sırasında padişaha bu durumu ispiyon ettiler. tabii ispiyon eden kişi hekimbaşılığına bir yakınını geçirtmek isteyen silahtar mustafa paşaydı.

nizip üzerine gelmişken ordu dinlenmeye çekildi ve ordugah kuruldu. sultan murad hekimbaşıyı çağırıp onunla satranç oynamaya başladı. aynı zamanda emir çelebiyi gözlüyordu bir yandan. ara ara onun kuşağından bir şeyler çıkarıp ağzına attığını görünce ağzına attığı şeyin ne olduğunu emir çelebiye sordu.

“efendi, koynunda ve cebinde ne var, çıkar göreyim” dedi. zavallı hekimbaşı cebinden afyon hokkasını çıkarıp verdi. “efendi bu nedir?” sorusuna ise cevabı:
– “padişahım ıslâh olunmuş, zararı gitmiş afyon hulâsasıdır” dedi. afyon yaklaşık 35 gr kadar vardı.
- padişah:“eğer zararı gitmiş ise ye göreyim” dedi. ikişer, üçer zorla yedirdi. sonra satranç oynamaya devam ettiler. hekimbaşı birinci oyundan sonra izin istedi. padişah izin vermedi. 2 el daha oynadılar.

hekimbaşının ayakta duracak hali kalmadığını gören padişah çekilmesi için izin verdi. çadırına gelen hekimbaşıya yardımcıları ilaçlar yaptılar, kurtarmaya çalıştılar. ancak hekimbaşı emir çelebi, “bana ilaç gerekmez, silahdar gibi güçlü bir düşmanın varsa ölmek yaşamaktan daha iyidir” diyerek “buzlu şerbet” istedi. zehirin etkisini bile bile hızlandırdı.

buzlu şerbetinde etkisiyle hekimbaşı oracıkta vefat etti ve sultan muradın saltanatı boyunca öldürttüğü farklı meslek erbaplarından binlerce insanın arasına adını yazdırdı.

emir çelebi'nin yazdığı enmuzec-üt-tıp adlı eser, tıp alanında dönemin önemli yapıtlarından biri olarak kabul edilir.