kladistiğin becerisi, genlerin karşılaştırmalı anatomisi sayesinde gelişmiştir. dna molekülü geçmişe uzanan ve kimileri beklenmedik desenler sergileyen milyonlarca bağlantı kurar. genleri temel alan bir floresan sondası, bir hayvanın başka hayvanlarla uyum düzeyini ortaya çıkarmakta kullanılabilir. birkaç bin bazın uyum gösterdiği bir bölgede olta kaldırılır ve kromozomlar üzerinde kızılımsı bir leke oluşur. insanlar ve domuzlar, ya da insanlar ve sığırlar, elliden fazla uzun seriyi ortak olarak taşırlar. bunlar, yavrularını canlı olarak doğurmak, tüylü olmak ve süt vermek gibi özellikler kadar, bu hayvanların ortak atadan geldiğine ilişkin kanıt oluşturur.
daha şimdiden pek çok canlının genleri baştan sona okunmuş durumda. ortaya çıkan sonuç, doğa bilimcilerin daha önceden imgelemlerine sığmayacak biçimde, canlılar arasında gruplar içinde gruplanmalar olduğudur. insan kromozomlarında bulunan otuz bin genin ve fare kromozomlarında neredeyse bir o kadarının yeri saptandı. pıgmap, domuzun genetik haritasını çıkarma çalışmasında, şimdiye kadar yaklaşık altı yüze yakın gen tanımlanmıştır. kedilerde, yüzden fazla genin kromozomdaki yeri belirlenmiştir. küçücük iplik kurdu, dna molekülündeki bütün harfleri okunan şimdiye kadar ki tek hayvan, tam olarak on dokuz bin doksan dokuz gene sahiptir ve bunların tümünün izleri sürülerek bulunmuştur. birkaç bakteri çeşidi ve tek hücreli parazitin de bütün genetik malzemesi deşifre edilmiş durumdadır.
bu canlıların çözülen genetik şifresi birbirine fazlasıyla benzemektedir. insanlar ve farelerde tümüyle aynı olan pek çok bölüm vardır ve iki bin insan geninin farelerde tam olarak özdeşleri bulunmaktadır. dna molekülünü deşifre etmek için yapılan yorucu çabalar, farelerde bulunan kromozomlardan birisinin düzeninin bir bölümü ile aşağı yukarı özdeş olduğunu ve sığırların bize farelerden de fazla benzediğini gösterdi. bitki genlerinin yarısından fazlasının farelerde eşdeğeri olduğu ortaya çıktı. nematod kurtçuğu ile maya bakterisinin kalıtım materyalinin yaklaşık yarsının ortak olduğu görüldü ( bu ikisi yaklaşık bir milyar yıl önce ayrılmıştır). oldukça uzak canlıların genetik tasarımda sergiledikleri bu beklenmedik paralellik şaşırtıcı olmuştur. insanlarda kalıtsal bir sinir sistemi hastalığına neden olan bir genin, maya bakterisinde ( sinir sistemi yoktur) tam bir dengi bulunmuştur. sy 402