filmde olaylar 18. yüzyılda fransa'da geçmektedir. sefalet, açlık ve pislik içerisinde yüzen paris halkının içerisinden alınan kesitlerle başlar olaylar. jean-baptiste grenouille bir balık satıcısı kadının oğlu olarak tezgâh arkasında çöplerin arasında doğar. annesi ölü doğumlar konusunda sabıkalı olduğu için onu da ölecek sanarak çöplerin arasına atmıştır. lakin jean yaşar ve bir yetimhanede büyür. güçlü bir koku alma yeteneği olduğunu çok geçmeden fark eder. gençlik döneminde tabakhanede çalışmaya başlayan jean, şehre indiği günlerden birinde güzel bir genç kızın kokusunun büyüsüne kapılır ve onu takip eder. bir süre sonra kıza ulaştığında kız korkar ve çığlık atar. çevrenin onu duymasından endişelenen jean da panik içinde onun ağzını elleriye kapar. ne var ki bu durum kızın boğularak ölmesine yol açar. jean burada kızın her yerini koklayarak güzelliğin ve ölümün kokusunu içine sindirir. paris'in o dönemki parfüm endüstrisi liderlerinden giuseppe baldini diğer üreticilerle rekabet içindedir. jean onun dükkânını görmüş ve bu koku imparatorluğuna hayran kalmıştır. bir gün tabaklanmış derileri baldini'ye getiren jean ona paris'in en iyi burnunun kendisi olduğunu söyler. baldini önce inanmaz ancak jean rakip üreticinin mamulünü kısa bir sürede üretince şaşırır. bir süre sonra da jean ona mükemmel kokular üreterek yanında çalışmaya başlar. ancak jean'ın artık bir hedefi vardır. her şeyin kokusunu esir edebilmek. baldini'den bunu ona öğretmesini ister. güllerden imbiklerle koku üretimini gören jean her şeyin kokusunu bu sayede çıkarabileceğini düşünür. lakin işler umduğu gibi gitmez. imbikte kaynatıp damıtmayı denediği cam ve kedinin kokusunu alamaz. baldini o sırada ona koku konusunda efsaneyle karışık bilgiler vermiştir. 12 ana kokudan, bunların vereceği hissiyattan ve birleşecekleri 13. koku ile oluşturacakları mükemmeliyetden bahsetmektedir. bu konuşma jean'a yeni amacını gösterir. güzelliğin o kokusunu yakalamak. baldini'nin yanında onun teknikleri ile bu kokuları elde edemeyeceğini anlayan jean ondan grasse'de ki çiçekleme tekniğini öğrenir ve oraya gitmek üzere yola çıkar. grasse'de çalışmaya başlayan jean için ilk deneyini yapma vakti gelmiştir. bulduğu ilk kadını içine attığı imbikden de herhangi bir koku elde edemez. bunun üzerine tekniğini değiştirir ve onları önce hayvansal yağla kaplayarak sonra bu yağı damıtma yoluna gider. ikinci cinayeti sonrası tekniği verimini verir. insanın kokusunu elde etmiştir. cinayetler peş peşe başlar. bu arada kent halkında da panik başlar. kentin önde gelen kişilerinden antoine richis'in kızı laure jean'ın yeni gözdesidir. on üçüncü şise için onun güzelliğini seçer. on iki cinayet tamamlanınca bulunan yanlış katiller nedeni ile jean işini rahatlıkla götürür. ancak sıra laura'ya gelince babası bir şekilde kızının başına geleceği hissetmiş ve onu şehir dışına kaçırmıştır. jean için şehir dışı da olsa laurayı bulmak zor olmaz. istenmeyen ama beklenen olur ve laura'da damıtılmış 13. şişede yerini alır. aynı anda jean'ın çalıştığı eski yerde eski kurbanlara ait giysi ve saçlar bulunmuş ve onu bulumak üzere yola koyulunmuştur. jean iksiri tamamladığı anda yakalanır. işkence ve ölüme mahkûm edilir. şehir meydanında işkence platformu hazırlanır. meydana gelen jean iksirini sürdüğü an bir anda öfkeli kalabalık yerini bir sevgi kalabalığına bırakır. laura'nın babası dahi onu affeder. koku gücünü göstermiştir. ancak jean yalnızdır. paris'e geri döner, kokuyu üzerine boca eder ve halkın sevgi dolu saldırıları arasında yok olur gider.