samanyolu galaksisini insanlar teknolojinin ilerlemesi ile keşfetmişlerdir ve birçok ileri teknolojiye sahip medeniyetle tanışmışlardır. bu medeniyetlerin kurduğu bir ittifaka dahil olmuşlardır ve kimi zaman iyi kimi zaman kötü dönemlerden geçse de görece refah seviyesi yüksek bir hayat sürülmektedir. fakat büyük resimde işlerin çok farklı olduğu ortaya çıkar. oyunun ilerleyen evrelerinde protein tabanlı bir yaşam formu olan insanlık ve dahil olduğu uzaylılardan oluşan medeniyetler zincirinin aslında ne kadar aciz olduğu anlaşılır. reaperlar adı verilen başka bir galaksiden gelen yarı canlı yarı makine, çok daha gelişmiş bir medeniyet, samanyolu galaksisini adeta bir çiftlik gibi kullanmaktadır. her 100 bin yılda bir gelip tüm canlı yaşamı hasat etmektedir ve kendi amaçları için kullanmaktadır. 100 bin yıl canlı yaşam formları için çok uzun ve erişilemez bir süre olduğu için hasat sonrası olan biten her şey unutulmaktadır ve canlı yaşam tekrar galakside filizlenmektedir. reaperlar tekrar gelene kadar. reaperlar tekrar gelene kadar medeniyetler tekrar oluşmakta ve tekrar tekrar teknolojilerini geliştirmektedirler. sonra reaperlar tekrar gelir... oyunun konusu da reaperların geldiği bir seferde insanlığın da katkısıyla samanyolu galaksisi medeniyetlerinin reaperlara karşı koyma çabasıdır.